Nước thải từ Khu công nghiệp được bơm từ các trạm bơm về trạm xử lý. Tại đây có lắp đặt thiết bị loại rác tinh nhằm tách các chất thải có kích thước lớn trước khi vào bể lắng cát, tại đây nước thải được tách cát sau đó chảy sang bể tuyển nổi. Tại bể tuyển nổi, dầu mỡ và các chất lơ lửng được tách lên mặt nước nhờ các bọt khí nhỏ và được tách ra ngoài nhờ thiết bị gạt bọt, bọt nổi sẽ được thu gom về bể chứa bọt. Từ bể tuyển nổi nước thải được dẫn vào bể điều hòa để điều hòa về lưu lượng và nồng độ. Tại đây lắp đặt hệ thống khuấy trộn bằng các đĩa sục khí. Từ bể điều hòa nước thải được bơm sang bể kỵ khí đệm bùn dòng chảy ngược (UASB) qua hệ thống phân phối phía dưới đáy bể. Khi đi từ dưới lên, nước thải có nồng độ ô nhiễm cao sẽ tiếp xúc với lớp bùn kị khí và toàn bộ các quá trình sinh hóa sẽ diễn ra trong lớp bùn này, bao gồm quá trình thủy phân, acid hóa, acetate hóa và tạo thành khí methane, cũng như các sản phẩm cuối cùng khác. Hiệu suất loại COD (BOD) đạt từ 75- 80%. Nước thải sau bể kỵ khí được dẫn vào bể thổi khí bùn hoạt tính lơ lửng để tiếp tục xử lý. Tại đây các vi khuẩn tồn tại ở dạng lơ lửng với mật độ lớn sẽ phân hủy các chất hữu cơ có trong nước thải trong điều kiện sục khí liên tục. Hiệu suất loại COD (BOD ): 95-97%. Một phần nước thải sau bể thổi khí sẽ được bơm hồi lưu về bể thiếu khí để loại nitơ. Hỗn hợp nước, bùn hoạt tính sẽ được đưa sang bể lắng bùn. Phần nước sau khi lắng được dẫn qua bể lọc để loại hết bông bùn nhỏ rồi dẫn sang bể chứa nước sau lọc, lượng nước này được sử dụng để rửa lọc khi cần thiết sau đó chảy đến bể tiếp xúc và được châm Javen để diệt trùng. Nước thải sau xử lý đạt tiêu chuẩn TCVN - 6986 – 2001, cột F3 và TCVN 5945 – 1995 cột B sẽ được xả qua mương đo lưu lượng rồi thải ra cống thoát nước chung của khu công nghiệp. Bùn hoạt tính tách từ bể lắng được đưa vào bể chứa bùn, một phần bùn được bơm hồi lưu về bể sục khí để duy trì mật độ bùn, phần bùn dư được bơm qua bể nén bùn để tách bớt nước trước khi bơm qua máy ép bùn. Bánh bùn sau khi ép sẽ được dùng làm phân bón hoặc chở đi chôn lấp cùng với rác thải của khu công nghiệp.
