Trồng lúa nói chung và trồng lúa nước nói riêng là hệ sinh thái nhân tạo. Như
I.Watanabe và P.A.Roger (1985) đã nhận định: đây là hệ sinh thái bất ổn định do
môi trường bị phá hủy thường xuyên, những nghiên cứu về nước ngập đến động
thái của một số nguyên tố hóa học ở môi trường đất còn ít được chú ý. Mặt khác,
như nghị định thư Kyoto đã đề cập, sản xuất nông nghiệp đặc biệt là trồng lúa nước
cũng có tham gia gây nên hiệu ứng nhà kính làm biến đổi khí hậu. Tuy nhiên, vấn
đề trồng lúa gây nên phát thải khí mêtan (CH4) cũng còn chưa được nghiên cứu rõ
ràng, đặc biệt là ở điều kiện của Việt Nam.
Eh, pH là những tính chất hóa học quan trọng và thường được nhắc tới khi
nghiên cứu về môi trường đất, nhưng trong các tài liệu nghiên cứu, nhất là ở Việt
Nam, thường chỉ đề cập ở một thời điểm nhất định. Trong khi đó các chỉ tiêu trên
luôn biến động mạnh theo sự biến động của các yếu tố môi trường, đặc biệt là chế
độ nước ngập. Để đánh giá được các thông số trên, cần nghiên cứu động thái của
chúng theo thời gian và tác động của các yếu tố môi trường, kể cả tác động của các
biện pháp bón phân trong sản xuất lúa
