Xã Cẩm Thanh nằm ở phía Đông Nam thành phố Hội An, cách trung tâm Hội An khoảng 3 km, có tổng diện tích là 894,43 ha, bao gồm 8 thôn. Xã tiếp giáp với phường Cửa Đại ở phía Đông, với phường Cẩm Châu và Cẩm Nam ở phía Tây, với huyện Duy Xuyên ở phía Nam, và với phường Cẩm Nam ở phía Bắc.
Địa hình ở xã Cẩm Thanh khá phức tạp, thuộc dạng địa hình ven biển, bị chia cắt mạnh mẽ bởi hệ thống sông ngòi và kênh rạch. Phần lớn diện tích đất bị nhiễm phèn và nhiễm mặn.
Do nằm ở vị trí hạ lưu sông Thu Bồn, xã Cẩm Thanh là một vùng đất ngập nước quan trọng có một tiềm năng to lớn về nguồn tài nguyên thiên nhiên chẳng hạn như hệ sinh thái rừng dừa nước và cỏ biển không những phục vụ cho sự phát triển bền vững của các hoạt động kinh tế ngư nghiệp ven biển mà còn góp phần phát triển hệ thống du lịch sinh thái cộng đồng.
