Thực hiện Nghị quyểt Đại hội lần thứ 3 của BCH TW Đảng Cộng Sản Việt Nam khóa VI và Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/3/1988 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là chính phủ ) về việc chuyển hoạt động Ngân Hàng sang hạch toán kinh tế và kinh doanh XHCN,hình thành hệ thống Ngân hàng hai cấp :
Ngân hàng Nhà nước thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về hoạt động Ngân hàng và các Ngân hàng Thương Mại (NHTM)thực hiện chức năng kinh doanh tiền tệ tín dụng và các dịch vụ Ngân Hàng.
Đây là mốc son lịch sử của hệ thống ngân hàng được tách bạch rõ ràng giữa chức năng quản lý Nhà nước và chức năng kinh doanh.Đánh dấu sự ra đời của các NHTM với sự vươn lên và phát triển mạnh mẽ,góp phần xứng đáng vào quá trình hội nhập và công cuộc đổi mới đất nước.
Trong xu thế thời đại đó ngày 1/7/1988 Ngân hàng Công Thương (NHCT) Việt Nam đã ra đời và đi vào hoạt động.Hai tháng sau,ngày 01/9/1988 chi nhánh NHTC tỉnh Thanh Hóa được thành lập trên cơ sở NH Nhà nước thị xã Thanh Hóa cùng với các phòng tín dụng công nghiệp,tín dụng thương nghiệp của Ngân hàng Nhà nước tỉnh để hợp thành chi nhánh NHCT tỉnh Thanh Hóa ,đơn vị thành viên nằm trong đội hình của NHTC Việt Nam.
Cùng thời gian đó các chi nhánh NHNN thị xã Bỉm Sơn,thị xã Sầm Sơn chuyển thành chi nhánh NHTC cấp II thuộc chi nhánh NHCT tỉnh Thanh Hóa.
Cùng với quá trình đổi mới đất nước và toàn ngành,từ ngày thành lập đến nay chi nhánh NHCT Thanh Hóa luôn khẳng định được vai trò vị trí của một đơn vị luôn đi tiên phong trong công cuộc đổi mới,góp phần tích cực thúc đẩy sự phát triển của nền kinh tế tỉnh nhà.
