Trong Luật La Mã cổ, thuật ngữ “Praesumptio boni viri” được hiểu là một suy đoán pháp lý “người tham gia tố tụng được coi là trung thực cho đến khi bị chứng minh họ không phải là người trung thực”. Suy đoán này được thừa nhận như là một nguyên tắc của luật tố tụng dân sự trong việc xác định tư cách và quyền bình đẳng của các đương sự, được áp dụng trong các tranh chấp để buộc các bên phải đưa ra các chứng cứ chứng minh, chứ không chỉ đưa ra các yêu cầu tranh chấp.
Trong tố tụng hình sự thì lại khác. Nhà nước chiếm hữu nô lệ không thừa nhận nô lệ là chủ thể của quan hệ pháp luật nên vấn đề lỗi của nô lệ không được xem xét đến trong các quan hệ có liên quan đến lợi ích của nhà nước. Nhà nước phong kiến tiếp tục kế thừa tư tưởng trên và áp dụng nguyên tắc suy đoán có lỗi. Người bị buộc tội (người bị tạm giữ, người bị khởi tố hình sự, người bị đưa ra xét xử) luôn bị coi là có lỗi, cho nên các biện pháp tra tấn, dùng nhục hình là một công cụ hợp pháp để điều tra vụ án.
Nhà nước tư sản đã đưa ra nhiều tư tưởng tiến bộ về quyền con người và quyền công dân, một trong những tư tưởng tiến bộ đó là suy đoán không phạm tội. Nhưng tư tưởng suy đoán không phạm tội trong thời kỳ đầu của nhà nước tư sản vẫn chưa được coi là một nguyên tắc của luật tố tụng hình sự mà mới chỉ được thể hiện như là một lập luận để chống lại các hình thức cưỡng chế khắc nghiệt vẫn còn tồn tại trong nhà nước tư sản lúc đó. Như vậy, về mặt pháp lý, nguyên tắc suy đoán không phạm tội (hay ý tưởng của nó) chỉ được ghi nhận khi Bản Tuyên ngôn nhân quyền và dân quyền của Pháp ra đời năm 1789. Nó đã đặt một nền tảng pháp lý quan trọng, có ảnh hưởng to lớn đến tư duy pháp lý của nhiều nước về bảo vệ quyền con người trong tố tụng hình sự của người bị buộc tội.
Nguyên tắc suy đoán không phạm tội đến nay được thừa nhận trong nhiều điều ước quốc tế. Tuyên ngôn nhân quyền năm 1948 của Liên hợp quốc và Công ước quốc tế về quyền chính trị và dân sự của Liên hợp quốc năm 1966 đều khẳng định: “Bất kỳ người bị buộc tội nào đều có quyền suy đoán là không phạm tội cho đến khi lỗi của người đó được xác định theo một trình tự do pháp luật quy định bằng phiên tòa xét xử công khai của Tòa án với sự bảo đảm đầy đủ khả năng bào chữa của người đó”. Đây là một nguyên tắc rất đáng quan tâm trong pháp luật tố tụng hình sự Việt Nam khi chúng ta đang tiến hành xây dựng nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa.
