Công tác kiểm toán hoạt động quản lý, khai thác, kinh doanh tài nguyên khoáng sản tại một số Tập đoàn, Tổng công ty Nhà nước do Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VI thực hiện thời gian qua mới dừng lại ở mức độ lồng ghép trong các cuộc kiểm toán Báo cáo tài chính tại các đơn vị; hoạt động kiểm toán chủ yếu chú trọng kiểm tra, đánh giá việc thực hiện nghĩa vụ tài chính, nghĩa vụ với Ngân sách Nhà nước mà chưa có điều kiện tổ chức riêng thành cuộc kiểm toán chuyên đề nhằm đi sâu kiểm tra, phân tích, đưa ra kiến nghị xử lý tồn tại và đề xuất áp dụng biện pháp quản trị hiệu quả hoạt động khai thác- kinh doanh tài nguyên khoáng sản đối với doanh nghiệp. Vì vậy, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) chuyên ngành VI cũng chưa thể đi sâu kiểm tra, đối chiếu, rà soát một cách toàn diện những tồn tại, bất cập của cơ chế chính sách, pháp luật; những thiếu sót trong công tác quản lý của các cơ quan quản lý nhà nước đối với hoạt động khai thác, kinh doanh tài nguyên, khoáng sản tại các Tập đoàn, Tổng công ty Nhà nước; theo đó chưa đưa ra được nhiều kiến nghị các cơ quan quản lý nhà nước rà soát, hoàn thiện cơ chế chính sách, nâng cao hiệu quả, hiệu lực cơ chế quản lý khai thác tài nguyên hướng đến hiệu quả, hiệu lực và phát triển bền vững.
Mặc dù vậy, qua thực tiễn kiểm toán hoạt động quản lý, khai thác, kinh doanh tài nguyên khoáng sản tại một số Tập đoàn, Tổng công ty Nhà nước thời gian qua, KTNN chuyên ngành VI cũng đã phát hiện một số tồn tại, bất cập ở nhiều khâu trong quy trình quản lý, khai thác, kinh doanh tài nguyên, khoáng sản, như: Một số văn bản pháp luật quản lý, điều chỉnh hoạt động khai thác kinh doanh tài nguyên chưa được ban hành đầy đủ và đồng bộ, có văn bản chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý thực tiễn; Công tác quản lý nhà nước theo ngành, lãnh thổ còn có những thiếu sót; các cơ quan chức năng trung ương và địa phương nhiều tầng cấp quản lý chồng chéo nhưng còn bỏ sót lĩnh vực cần quản lý; Công tác quy hoạch, cấp phép khai thác còn bất cập;
