Sử dụng phân bón hoá học và hợp chất bảo vệ thực vật là chìa khoá thành công của cuộc cách mạng xanh, trong nền nông nghiệp, công nghiệp hoá (nông nghiệp đầu tư cao) để đảm bảo nhu cầu về lương thực, thực phẩm. Tuy nhiên, những năm gần đây có nhiều dấu hiệu đáng lo ngại do sự ảnh hưởng của phân bón hoá học, hoá chất bảo vệ thực vật đến môi trường và sức khoẻ con người. Vấn đề này không chỉ xảy ra ở các nước phát triển mà nó đang ngày trở lên nghiêm trọng ở các nước đang phát triển. Khi người nông dân áp dụng những công nghệ hiện đại (như giống mới, phân hoá học, hoá chất bảo vệ thực vật (HCBVTV), máy móc, thiết bị tưới tiêu.) Đã nảy sinh rất nhiều vấn đề môi trường:
- Gây độc hại cho nguồn nước, cho đất bởi thuốc trừ sâu, N03-, do đó tác động xấu đến sức khoẻ con người, động vật hoang dại và suy thoái các hệ sinh thái.
- Gây nhiễm độc lương thực, thực phẩm thức ăn cho gia súc bởi dư lượng thuốc trừ sâu, NO3- và chất kích thích sinh trưởng.
- Gây xói mòn đất, giảm độ phì của đất do xu hướng sử dụng nhiều phân bón hoá học thay cho phân hữu cơ.
- Gây mặn hoá thứ sinh do tưới tiêu không hợp lý.
- Gây ô nhiễm không khí do sự khuyếch tán của HCBVTV.
- Chặt phá rừng, mở rộng diện tích canh tác gây suy thoái nguồn nước ngầm, làm mất dần và có nguy cơ tuyệt chủng nhiều loài động vật hoang dã.
