Tiền thân của Viện hóa học công nghiệp là Phòng thí nghiệm của Bộ công thương từ 1995, hình thành từ phòng thí nghiệm của Sở mỏ Đông Dương cũ. Năm 1956 khi Bộ công thương tách thành Bộ công nghiệp và Bộ thương nghiệp, thì phòng thí nghiệm này trở thành Viện nghiên cứu công nghiệp thuộc Bộ công nghiệp. Năm 1957 Viện được đổi tên thành Viện hóa học. Năm 1964 Viện hợp nhất với Phòng hóa học thuộc Ủy ban Khoa học Nhà nước thành Viện nghiên cứu hóa học thuộc Bộ công nghiệp nặng. Năm 1969 Viện đổi tên thành Viện hóa học công nghiệp.
Đến năm 1990 Bộ công nghiệp nặng ra quyết định thành lập Viện hóa học công nghiệp: Quyết định thành lập số 232/QĐ–CNNg–TCNS ngày 10 tháng 7 năm 1990.
Năm 2007 đổi tên thành Viện hóa học công nghiệp Việt Nam và là tổ chức khoa học công nghệ thực hiện cơ chế tự chủ tự chịu trách nhiệm theo mô hình Viện qui định tại Nghị định số 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ theo quyết định số 0366/QĐ-BCT ngày 28/8/2007.
Nhằm nâng cao năng lực thiết bị, ngoài việc luôn đổi mới, cải tiến và trang bị những trang thiết bị mới, Trung tâm còn phối hợp khai thác các thiết bị phân tích với phòng thí nghiệm trọng điểm của Quốc gia về Lọc Hóa dầu – cũng là một đơn vị trực thuộc Viện hóa học công nghiệp Việt Nam – nhằm khai thác một cách có hiệu quả nhất các thiết bị hiện có của Viện.
