Phần giới thiệu về sắp hàng đa chuỗi( multiple sequence alignment) dưới đây
được viết một phần dựa trên luận văn tiến sĩcủa thầy Lê SỹVinh[31] và quyển sách
Inferring Phylogenies của giáo sưJoseph Felsenstein[30].
Theo học thuyết tiến hóa của Darwin[1], tất cảcác sinh vật trên trái đất đều có
cùng một tổtiên chung. Theo thời gian và quá trình tiến hóa của các sinh vật, các
ADN của chúng dần đổi khác biệt với tổtiên. Các ADN biến đổi từcùng một nguồn
gốc được gọi chung là các ADN tương đồng(homology). Và tổng quát hơn nữa, một
chuỗi ADN tiến hóa từcùng một tổtiên là chuỗi tương đồng. Những sựbiến đổi của
các chuỗi ADN có thểnhiều hay ít, có thểxảy ra đồng thời hay phân tán tuy nhiên
chúng vẫn giữlại một sốthông tin có trong chuỗi ADN của tổtiên. Theo nhận định
của các nhà khoa học, việc biến đổi ADN của các sinh vật đều thông qua 3 phép biến
đổi sau:
− Phép chèn, đưa thêm một ADN vào chuỗi.
− Phép xóa, xóa đi 1 ADN trong chuỗi.
− Phép thay thế, thay thếADN này bằng một ADN khác.
