Vùng ĐBSCL có diện tích tự nhiên khoảng 39.747 km2, chiếm 12% diện tích cả nước, diện tích vùng biển đặc quyền kinh tế rộng khoảng 360.000 km2, chiếm 37% tổng diện tích vùng đặc quyền kinh tế của cả nước và hàng trăm đảo lớn nhỏ thuộc hai ngư trường trọng điểm là Đông và Tây Nam Bộ.
Đồng bằng sông Cửu Long là một vùng đất ngập nước điển hình với trên 90% diện tích ngập nước theo mùa mưa lũ và sự chi phối ngập mặn do thủy triều ở các vùng ven biển. Với lợi thế tiềm năng đất ngập nước, những năm gần đây nuôi trồng thủy sản ở ĐBSCL phát triển rất nhanh chóng. Kéo theo đó là vấn đề ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Điển hình là môi trường nước trên sông Tiền, sông Hậu và các kênh rạch vùng ngọt hóa đã có dấu hiệu nhiễm bẩn hữu cơ, các vi sinh trong nước, độ đục, Amoni trong nước. Môi trường nước ở vùng mặn hóa ven biển hàm lượng sắt trong nước tăng cao do quá trình phèn hóa mạnh.
Hằng năm việc nuôi trồng thuỷ sản đã thải ra 456,6 triệu m3/ bùn thải (phù sa lắng đọng trong chất thải) và chất thải nuôi trồng thủy sản mà trong đó riêng chất thải nuôi cá tra, cá ba sa là hơn hai triệu tấn/ năm. Nguồn chất thải độc hại này hiện nay vẫn chưa được xử lý triệt để, mà vẫn tiếp tục thải vào sông rạch trong khu vực.
Việc tiếp cận sinh thái trong phát triển nuôi trồng thủy sản ở ĐBSCL là một vấn đề hết sức quan trọng để phát triển bền vững hệ canh tác nuôi trồng thủy sản.
Mô hình nuôi trồng sinh thái để bảo vệ môi rường cũng đã được triển khai thực hiện ở ĐB Sông Cửu Long. Các mô hình này vừa đảm bảo thu nhập cho người dân, vừa phát triển bền vững vừa đi đôi với bảo vệ môi trường sinh thái. Việt Nam đã thực hiện mô hình nuôi tôm sinh thái trong ruộng lúa (được thử nghiệm ở tỉnh Cà Mau và tỉnh Bạc Liêu ) và mô hình nuôi tôm rừng (được nuôi thử ở Lâm Ngư Trường 184 ở tỉnh Cà Mau).
Trong bối cảnh vùng, tiếp tục phát triển thủy sản nhanh trên cơ sở đảm bảo tính bền vững trong chính hoạt động sản xuất thủy sản và của toàn vùng ĐBSCL. Tiếp tục chuyển dịch cơ cấu các ngành nghề sản suất, kinh doanh, gắn sản xuất với chế biến, tiêu thụ sản phẩm thủy sản, với bảo vệ môi trường sinh thái. Bảo đảm cân bằng lợi ích giữa ba mảng phúc lợi: kinh tế, xã hội và sinh thái môi trường trong quá trình phát triển thủy sản – đảm bảo phát triển bền vững.
Bên cạnh đó nhà nước cũng cần phải quan tâm đến chính sách hỗ trợ cho người dân để mở rộng hơn nữa mô hình nuôi trồng sinh thái cũng như áp dụng các biện pháp sinh học trong nuôi trồng thuỷ sản trên phạm vi cả nước chứ không phải chỉ riêng ở đồng bằng Sông Cửu Long.
